生物工程的發(fā)展歷史可以簡單的分為三個時期：傳統(tǒng)生物技術時期;②近代生物工程的形成和發(fā)展時期;③現(xiàn)代生物工程時期。

在遠古時期，人們在生活實踐中，就已經(jīng)發(fā)現(xiàn)了某些生物的特殊作用，并利用這些有益生物生產(chǎn)出人類需要的產(chǎn)品，但對于各種生物的作用原理與其形態(tài)特征并未了解清楚，僅僅是憑借生活實踐的經(jīng)驗對這類生物加以利用。早在公元前，人類就已經(jīng)學會了利用微生物生產(chǎn)啤酒，面包，酸奶等食品，已經(jīng)掌握了發(fā)酵技術。這便是傳統(tǒng)生物技術時期，此時生物工程還不能成為一種學科。

由于人類對這種微生物形態(tài)及具體作用還未了解，因此很多科學家試圖觀察發(fā)現(xiàn)這類生物，其中有荷蘭人詹生，英國人胡克等，但都因為種種原因失敗了。1676年，荷蘭人列文虎克用自磨的鏡片制作顯微鏡，觀察和描繪了桿菌、球菌、螺旋菌等微生物的圖像。這一發(fā)現(xiàn)對生物工程發(fā)展有巨大的推動作用，并為近代生物技術時期的降臨做出了重大貢獻。1926 年美國的生化學家薩姆納證實了從刀豆中獲得的結晶JR 酶是一種蛋白質，其后又分別與人合作在 1930 年和1937 年獲得了胃蛋白酶和過氧化氫酶等晶體，說明酶是一類蛋白質。

1937 年馬摩里和維賽龍?zhí)岢隽宋⑸镛D化的方法。這一時期所生產(chǎn)的發(fā)酵產(chǎn)物都屬微生物形成的初級代謝產(chǎn)物，這是指微生物處于對數(shù)生長期所形成的產(chǎn)物，主要是與細胞生長有關的產(chǎn)物，如氨基酸、核酸、蛋白質，碳水化合物以及與能量代謝有關的副產(chǎn)物，諸如乙醇、丙酮、丁醇等。

1941 年因第二次世界大戰(zhàn)的爆發(fā)，前線和后方的不少傷員都希望能有一種比當時磺胺類藥物更為有效和安全的治療外傷炎癥及其繼發(fā)性傳染病的藥物。英國當局讓病理學家弗洛里和生化學家錢恩參加到弗萊明的研究隊伍中，以加速對青霉素的研制開發(fā)。除了青霉素以外，其后發(fā)現(xiàn)和使用有各種抗生素、氮叢酸、核背酸、維生索、多糖、多元醇、有機酸、酶制劑等。與此同時，一個新的交叉學科—生物化學工程也就誕生了。這便是近代生物工程的形成和發(fā)展時期。

多少年以來，關于生命的起源問題存在著以下一些解釋。創(chuàng)世說。19 世紀初期之前，人們從宗教和迷信的角度對人類的起源做了各種回答。例如，基督教認為是亞當和夏娃創(chuàng)造了人類，即上帝創(chuàng)造了世間一切和人類進化論。1859 年，英國生物學家達爾文發(fā)表了“物種起源”，確立了進化論的觀點，極大推動了人類思想的發(fā)展。最早觀測到活細胞的是 17 世紀的荷蘭人列文虎克，與其同時代的英國人 Hooke 第一次用“細胞”這個詞來形容他所觀察到的軟木的基本單元。

19 世紀中葉，“細胞”的概念被科學界接受，成為19 世紀三大發(fā)現(xiàn)之一。1865 年，經(jīng)典遺傳學創(chuàng)始人奧地利人孟德爾發(fā)表了《植物雜交試驗》一文，提出了遺傳因子的統(tǒng)一律和獨立分配率。孟德爾指出，生物的每一種性狀都是由遺傳因子控制的。這些遺傳因子可以從親代到子代，代代相傳。在體細胞內，遺傳因子是成對存在的，其中一個來自父本，一個來自母本，在形成配體時，遺傳因子彼此分開，單獨存在。他還認為，有些遺傳因子是以顯性形式存在的，而有些遺傳因子是以隱性形式存在的?，F(xiàn)代生物工程是以 20 世紀70 年代DNA 重組技術的建立為標志的?，F(xiàn)代生物工程時期 是以分子生物學的理論為先導，從基因工程的技術能作為生物工程新產(chǎn)品的一種開發(fā)手段或 關鍵技術后算起的。

近代科技史實表明，每一次重大的科學發(fā)現(xiàn)和技術創(chuàng)新，都使人們對客觀世界的認識產(chǎn)生一次飛躍;每一次技術革命浪潮的興起，都使人們改造自然的能力和推動社會發(fā)展的力貢提高到一個新的水平。